مراجع اختصاصی قضایی فقط حقِ رسیدگی به اموری را دارند که بطور روشن و مشخص در قانون آمده است. انواع مراجع اختصاصی را می­ توان به مراجع اختصاصیِ حقوقی و مراجع اختصاصیِ کیفری تقسیم نمود. البته در هر دو دسته، دادگاه انقلاب و شورای حل اختلاف به صورت مشترک وجود دارد. پس برای توضیح بهتر این مسئله ما از تقسیم بندی این مراجع صرف نظر نموده و هر مرجع را به صورت جداگانه مورد بحث قرار می ­دهیم و صلاحیت آن را در مورد رسیدگی به انواع دعاوی اعم از حقوقی و کیفری، تشریح می­ نماییم. برخی از مراجع اختصاصی عبارتند از

دادگاه خانواده

دادگاه خانواده با توجه به قانون حمایت خانواده مصوب 2/11/1391، دادگاهی اختصاصی است؛ زیرا بر اساس مادۀ 1 این قانون: «به منظور رسیدگی به امور و دعاوی خانوادگی، قوۀ قضاییه موظف است...به تعداد کافی شعبه دادگاه خانواده تشکیل دهد..»

صلاحیت دادگاه خانواده: مادۀ 4 قانونِ حمایت از خانواده، 18 مورد را در صلاحیت دادگاه خانواده قرار داده است:

نحوۀ رسیدگی در این دادگاه، طبق مادۀ 8 این قانون، با تقدیمِ دادخواست و بدون رعایت سایر تشریفات آیین دادرسی مدنی (آ.د.م) انجام می­ شود.

دادگاه انقلاب

صلاحیت این دادگاه در مادۀ 303 قانون آیین دادرسی کیفری ذکر شده که مخصوصِ آن دسته از امورِ کیفری است که مربوط به امنیت نظام و جامعه باشد. اما با توجه به رویه قضایی، این دادگاه در رسیدگی به دعاوی مربوط به اموالِ مصادره شده، نیز صالح است.

دادگاه اطفال و نوجوانان

تشکیلات این دادگاه در مادۀ 298 قانون آیین دادرسی کیفری بیان شده و در مادۀ 304 قانون یادشده، صلاحیت این دادگاه مشخص شده که شامل تمامی جرائم ارتکابی از سوی اطفال و نوجوانان می­ باشد. به کلیه جرائم اطفال و افراد کمتر از هیجده سال تمام شمسی در دادگاه اطفال و نوجوانان رسیدگی می شود. در هر صورت محکومانِ بالای سنِ هیجده سالِ تمام -موضوع این ماده- در بخش نگهداری جوانان که در کانون اصلاح و تربیت ایجاد می شود، نگهداری می شوند. اطفال کسانی هستند که به بلوغ شرعی نرسیده ­اند.

دادگاه نظامی

همانگونه که از نامِ آن پیداست، مرجع رسیدگی به جرائم نیروهای مسلح است و همچنین جرائم مربوط به جنگ که توسط نظامیان ارتکاب می‌یابد و همچنین جرائم علیه امنیت داخلی و خارجی در حدود صلاحیت سازمان قضائی و جرائم مربوط به امور جنگی مرتبط با اقدامات عملیاتی، گرچه محل وقوع آن خارج از مناطق عملیاتی باشد. دادگاه نظامی نیز به: دادگاه نظامی 1 و نظامی 2 تقسیم می­ شود.

دادگاه ویژۀ روحانیت

چنانچه در جرائم کیفری یکی از اصحاب دعوا، روحانی باشد، دادگاه ویژۀ روحانیت صلاحیتِ رسیدگی دارد و لزومی ندارد که حتماً متهمِ جرم روحانی باشد.