هر چند یگان حفاظت سازمان‌ زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی که بر اساس ماده 179 قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی.... مصوب 1379 تشکیل شده ولی مطابق همین ماده صرفاً از نظر بکارگیری سلاح و مهمات تابع ضوابط نیروهای مسلح می‌باشد و طبق ماده 13 قانون بکارگیری سلاح توسط نیروهای مسلح در موارد ضروری پرداخت دیه و جبران خسارت به عهده سازمان مربوطه قرار داده شده است و بر اساس مواد 2 و 3 آیین‌نامه اجرایی ماده 15 قانون مذکور و تبصره ماده 2 این آیین‌نامه، سازمان مدیریت و برنامه ریزی مکلف است همه ساله اعتبار لازم را در لایحه بودجه ذیل ردیف هریک از دستگاه‌های ذیربط پیش بینی نموده و دراختیار آنها قرار دهد تا دیه و خسارت موضوع ماده 13 قانون مذکور از محل این اعتبار توسط دستگاه‌های ذیربط بر اساس رأی مراجع قضایی پرداخت شود، منظور از عبارت« سازمان مربوط» ودستگاه‌های ذیربط، سازمان و دستگاهی است که یگان حفاظت در راستای اجرای وظایف آنها ایجاد شده و در فرض سؤال سازمان زندانها و اقدامات تأمینی و تربیتی عهده‌دار پرداخت دیه و خسارت است